Người tu khi với sự lý của mọi vấn đề không thể hiểu minh bạch, rồi từ đó dẫn sanh tất cả điều mê hoặc, khiến cho tâm niệm chẳng yên, đó là lúc nghiệp si nổi lên. Chẳng hạn như trong khi đang tu, thoạt nhớ có kẻ nói phải niệm chừng nào nhứt tâm bất loạn mới được vãng sanh, nay xét mình khó nỗi đến trình độ ấy, công hành đạo e luống uổng, rồi sanh ý phân vân, đó là hiện tướng của nghiệp si. Si mê là nguồn gốc của tất cả phiền não. Tham, Sân do Si mà Mạn, Nghi, Ác Kiến cũng đều do Si. Như khi khởi niệm: sự hành đạo siêng nhọc của ta, chưa chắc người xuất gia đã bằng; đó là Ngã Mạn phiền não.
Lúc niệm Phật, bỗng sanh ý nghĩ: cõi Cực Lạc trang nghiêm dường ấy, mình nghiệp dày phước mỏng, biết có được vãng sanh hay chăng? Đó là Nghi phiền não. Ác kiến là sự thấy hiểu cố chấp xấu ác, gồm năm điều Thân kiến, Biên kiến, Tà kiến, Kiến Thủ kiến, và Giới Thủ kiến. Như đang tu hành, chợt nghĩ: thể chất mình vẫn yếu, hôm nay lại nghe mỏi nhọc, nếu niệm Phật thêm lâu nữa sợ e phải đau; đó là Thân kiến. Hoặc nghĩ: chết rồi như đèn tắt, nếu có đời trước sao mình không nhớ? Tốt hơn là nên tu tiên để được sống lâu không chết. Đây là đoạn kiến và thường kiến trong Biên kiến. Hoặc suy tưởng tại sao có người làm lành lại mạng yểu, chết một cách dữ dằn; kẻ làm nhiều điều ác lại sống lâu, chết rất tốt đẹp yên ổn? Vậy thì tu hành đâu có ích lợi chi! Đây là lối chấp Tà kiến, không thấu suốt lý nhân quả ba đời. Có kẻ lại nghĩ: trước kia mình tu theo cách luyện điển của giáo phái khác, mới ít tháng liền có sự biến đổi; nay sao niệm Phật đã lâu mà không thấy chuyển động gì? Đây là Kiến Thủ kiến, tức là chấp lấy sự nhận thức sai lầm của mình. Hoặc lại suy nghĩ; bên đạo khác họ sát sanh vẫn cầu được về Thiên Đường; mình cũng cầu sanh Cực Lạc, vậy cần chi phải giữ giới sát? Đây là Giới Thủ kiến, tức sự chấp hiểu lầm lạc về giới pháp.
Hình thức của nghiệp si rất nhiều; nhưng người tu Tịnh Độ cần nhứt là phải y theo kinh Phật, và đặt trọn vẹn đức tin vào đó. Đối với đạo lý sâu xa, điều nào không biết thì nên tìm hỏi nơi bậc thiện tri thức. Nghiệp si dễ khiến cho người lạc mất chủ hướng khi bị các thuyết khác đả phá, mà môn Tịnh Độ lại là pháp thâm diệu khó tin hiểu. Theo kinh luận, người niệm Phật nên y theo ba lượng để củng cố lòng tin.
Lý Trí Lượng: là sự suy lường tìm hiểu của lý trí. Chẳng hạn như suy nghĩ: Các thế giới đều do tâm tạo, đã có cõi người thuộc phân nửa nghiệp thiện ác, tất có tam đồ thuộc nhiều nghiệp dữ, và các cõi trời thuộc nhiều nghiệp lành. Như thế tất cũng có cõi Cực Lạc do nguyện lực thuần thiện của Phật, và công đức lành của chư Bồ Tát cùng những bậc thượng thiện nhơn.
Thánh Ngôn Lượng: là giá trị lời nói của Phật, Bồ Tát trong các kinh luận. Đức Thế Tôn đã dùng tịnh nhãn thấy rõ y báo, chánh báo cõi Cực Lạc, và diễn tả cảnh giới ấy trong các kinh Tịnh Độ. Các bậc đại Bồ Tát như Văn Thù, Phổ Hiền đều ngợi khen cõi Cực Lạc và khuyên nên cầu vãng sanh. Người Phật tử nếu không lấy lời của Phật, Bồ Tát làm mực thước, thử hỏi còn phải tin ai hơn?
Hiện Chứng Lượng: là lối tìm hiểu do sự thấy biết hoặc chứng nghiệm hiện thật, để khởi lòng tin. Trong Tịnh Độ Thánh Hiền Lục đã chứng minh rất nhiều vị niệm Phật được vãng sanh, và ở Việt Nam ta cũng có nhiều Phật tử tu Tịnh Độ được về Cực Lạc. Chẳng những thế, mà hiện tiền khi tịnh niệm các vị ấy cũng thấy cảnh Tịnh Độ hiện bày. Nếu không có cõi Cực Lạc, và không có Phật A Di Đà tiếp dẫn, thì làm sao những vị ấy thấy rõ và được kết quả vãng sanh?
Trên đây là ba lượng mà hành giả Tịnh Độ phải y cứ để giữ vững lòng tin. Lại theo Ấn Quang pháp sư, người niệm Phật không nên đem sự tu Tịnh Độ thỉnh giáo các vị thiện tri thức bên Thiền Tông. Bởi lối đáp của những vị ấy đều đi về bổn phận, tức là nói về lý tánh, mà Tịnh Độ thì thuộc về tướng tông. Vì chỗ chủ trương khác nhau như thế, nếu kẻ sơ học chưa dung thông tánh tướng, e không được lợi ích chi, mà còn tăng thêm lòng nghi ngại phân vấn bất nhứt.